Trois courants de pensée ont influencé le jardin japonais. Le premier est le shintô, une voie transmise au Japon comme croyance populaire. C’est une foi qui vénère la divinité mythologique Amaterasu Ōmikami et d’autres divinités liées aux fondements de la nation et du peuple, et qui honore leurs enseignements ; elle imprègne tous les aspects de la vie et de la culture des Japonais.
Le shintô vénère les « huit millions de dieux », c’est-à-dire une multitude de divinités qui résideraient dans les animaux, les plantes, tous les phénomènes et tout ce qui existe en ce monde, du soleil à la lune et au vent, jusqu’aux toilettes de nos maisons.

Un rocher sur lequel on invitait une divinité pour célébrer un culte s’appelle un iwakura. Dans l’Antiquité, pour accueillir et vénérer les dieux, on entourait ces rochers de petites pierres ou on les empilait : c’est ce qu’on appelle un iwasaka. On y priait pour de bonnes récoltes, la santé et la prospérité de ses descendants.
Les Japonais éprouvent une profonde révérence envers les pierres et les arbres. L’influence du shintô se fait sentir partout dans le jardin japonais.

